与360桌面助手的冲突
360桌面助手是360安全卫士自带的桌面整理模块，与小智桌面的功能高度重叠。两者都接管Windows桌面的图标管理和排列，同时运行会导致以下问题：
桌面图标在两个管理模式的布局之间反复切换，出现图标位置跳动或排列错乱。部分分区可能被360桌面助手覆盖显示为空白区域。右键菜单中同时出现两套桌面管理选项，操作逻辑混乱。
解决方法：打开任务管理器，在进程列表中找到360DesktopMgr.exe或类似进程名，右键结束进程。然后在360安全卫士的设置中关闭桌面助手的开机自启动。建议只保留一款桌面管理软件，小智桌面功能更全面且独立运行，无需依赖安全卫士。
与腾讯桌面整理的冲突
腾讯桌面整理是腾讯电脑管家内置的桌面管理工具，冲突原因与360桌面助手类似。两者同时运行时会出现：
桌面分区布局被腾讯桌面整理覆盖，小智桌面的分区消失。右键菜单出现腾讯桌面整理的操作选项，与小智桌面的右键菜单冲突。卸载腾讯桌面整理后桌面图标恢复为Windows默认排列，小智桌面需要重新扫描和分区。
解决方法：打开腾讯电脑管家，在工具箱或设置中找到桌面整理模块，选择关闭或卸载。如果已经卸载了腾讯电脑管家但桌面仍有整理效果残留，在任务管理器中查找QDeskMgr.exe进程并结束。
与Fences的冲突
Fences是Stardock公司出品的付费桌面整理软件。与小智桌面的冲突主要表现为：
两个软件都尝试在桌面创建分区和排列图标，导致桌面上同时出现两套分区框架。Fences的分区可能覆盖在小智桌面分区之上，造成点击混乱。系统资源占用增加，桌面响应速度变慢。
解决方法：右键桌面空白处，在Fences菜单中选择暂停或退出Fences。如果需要长期使用小智桌面，建议在控制面板中卸载Fences。Fences是付费软件，卸载前记得备份许可证信息。
与动态壁纸软件的兼容性
Wallpaper Engine、元气桌面等动态壁纸软件在渲染桌面背景时，可能与小智桌面的分区渲染产生冲突。表现为分区区域出现闪烁、残影或渲染黑块。
解决方法：在动态壁纸软件中尝试切换壁纸类型（从视频改为静态或场景类壁纸）。降低动态壁纸的分辨率和帧率。如果问题持续存在，可在小智桌面设置中关闭分区透明度效果，使用不透明背景的分区。